Έλεγχος γονιδίων προδιάθεσης καρκίνου του μαστού και των ωοθηκών.

• Ο καρκίνος του μαστού αποτελεί τη συχνότερη μορφή καρκίνου που προσβάλει το γυναικείο πληθυσμό παγκοσμίως και τη δεύτερη συχνότερη αιτία θανάτου, με 1.5 εκατομμύριο γυναίκες να διαγιγνώσκονται κάθε χρόνο με τη νόσο (25% του συνόλου των περιστατικών καρκίνου στις γυναίκες) και τους ετήσιους θανάτους να υπολογίζονται στους 550.00-600.000. Η πλειοψηφία των κρουσμάτων θεωρούνται σποραδικά που αναπτύσσονται από τυχαία συμβάντα μεταλλαξιγένεσης στα κύτταρα του μαστικού αδένα κατά τη διάρκεια ζωής των ασθενών, ενώ το 20-30% των περιστατικών εμφανίζουν οικογενειακό ιστορικό, ≈1/3 των οποίων (6-13% του συνόλου) μπορεί να αποδοθεί σε μεταλλάξεις σε συγκεκριμένα γονίδια που κληρονομούνται με αυτοσωμικό επικρατή τρόπο. Από το σύνολο των κληρονομικών περιστατικών καρκίνου του μαστού, 90% (5-12% του συνόλου) θεωρείται ότι προκαλείται από μεταλλάξεις στα γονίδια Breast Cancer Susceptibility Gene 1, 2 (BRCA1, BRCA2).

• Ο καρκίνος των ωοθηκών αποτελεί την τέταρτη αιτία θανάτου στο γυναικείο πληθυσμό, με το 20% των περιστατικών να θεωρούνται κληρονομικά και το μεγαλύτερο μέρος αυτών (65-85%) να οφείλεται σε μεταλλάξεις στα γονίδια BRCA1 και BRCA2, ποσοστό που αντιστοιχεί στο 10-15% του συνόλου των περιστατικών.
• Ο καρκίνος του ενδομητρίου αποτελεί την 1 η σε συχνότητα κακοήθεια του γυναικείου γεννητικού συστήματος και την 6 η σε συχνότητα κακοήθεια στο γυναικείο πληθυσμό, με περίπου 420.000 νέα περιστατικά να διαγνώστηκαν το 2020. Το 27% των περιστατικών καρκίνου του ενδομητρίου εμφανίζουν οικογενή κατανομή και το 2-5% των περιστατικών τυπική κληρονομικότητα αποδιδόμενη σε μεταλλάξεις συγκεκριμένων γονιδίων, συμπεριλαμβανομένου τόσο των BRCA1/2, όσο και γονίδια προκαλούν το κληρονομικό σύνδρομο Lynch (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM) (βλέπε Γενετικός Έλεγχος Καρκίνου του Παχέος Εντέρου).

• Τα ανθρώπινα γονίδια BRCA1 και BRCA2 αποτελούν ογκοκατασταλτικά γονίδια που κωδικοποιούν για πρωτεΐνες που εμπλέκονται στο μηχανισμό επιδιόρθωσης βλαβών DNA, μια διαδικασία ζωτικής σημασίας για τη διατήρηση της φυσιολογίας του κυττάρου, καθώς εξασφαλίζει σε μεγάλο βαθμό την ακεραιότητα του γενετικού υλικού και την αποφυγή εγκατάστασης μεταλλάξεων που μπορεί να οδηγήσουν στην καρκινική εξαλλαγή.

• Το γονίδιο BRCA1 εδράζεται στο χρωμόσωμα 17, έχει μέγεθος 110 kb και αποτελείται από 22 εξόνια που κωδικοποιούν για μία πρωτεΐνη 1863 αμινοξέων που εμπλέκεται στη ρύθμιση της ανάπτυξης και διαίρεσης των κυττάρων που σχηματίζουν τους γαλακτοφόρους πόρους. Η πρωτεΐνη BRCA1 συνδέεται με άλλους ογκοκατασταλτικούς παράγοντες, με πρωτεΐνες-αισθητήρες βλαβών DNA και πρωτεΐνες-μεταγωγής σημάτων, για το σχηματισμό ενός μεγάλου συμπλέγματος πολλών υπομονάδων γνωστό ως BASC, που εμπλέκεται στην επιδιόρθωση βλαβών DNA τύπου θραύσης διπλής έλικας. Περισσότερες από 600 μεταλλάξεις έχουν ταυτοποιηθεί στο γονίδιο BRCA1, οι περισσότερες και πλέον ογκογόνες στη περιοχή BRCT στο C-τελικό άκρο της πρωτεΐνης, οι οποίες και αναιρούν την ογκοκατασταλτική της δράση, διαταράσσοντας την ικανότητα επιδιόρθωσης DNA και αλληλεπίδρασης με άλλους επιτελικούς παράγοντες του κυττάρου.

• Το γονίδιο BRCA2 εδράζεται στο χρωμόσωμα 13, αποτελείται από 27 εξόνια και κωδικοποιεί για μία πρωτεΐνη 3418 αμινοξέων που επίσης εμπλέκεται στην επιδιόρθωση βλαβών DNA τύπου θραύσης διπλής έλικας. Η πρωτεΐνη BRCA2 έχει την ικανότητα πρόσδεσης σε μονόκλωνο DNA και μέσω απευθείας αλληλεπίδρασης με το ένζυμο RAD51 προάγει τη διαδικασία του ομόλογου ανασυνδυασμού. Σε σημεία θραύσης διπλής έλικας DNA, η BRCA2 συναρμολογείται σε σύμπλοκα με τις πρωτεΐνες BRCA1, PALB2 και RAD51 για την επιδιόρθωση της βλάβης μέσω ομόλογου ανασυνδυασμού, αναδεικνύοντας τη συνεργιστική δράση των δύο ογκοκατασταλτικών γονιδίων. Περισσότερες από 300 μεταλλάξεις έχουν ταυτοποιηθεί στο γονίδιο BRCA2, η πλειονότητα των οποίων αφορά εισαγωγές ή ελλείψεις μικρού αριθμού βάσεων, που έχουν ως αποτέλεσμα τη διατάραξη της δομής της πρωτεΐνης και τη λειτουργική αδυναμία της στην επιδιόρθωση βλαβών DNA.

• Η σημασία της ρυθμιστικής ογκοκατασταλτικής δράσης των γονιδίων BRCA1 και BRCA2 στο κύτταρο καταδεικνύεται από το γεγονός, ότι μεταλλάξεις και στα δύο αντίγραφα είτε του γονιδίου BRCA1 είτε του γονιδίου BRCA2, προκαλούν έναν τύπο της αναιμίας Fanconi, μιας γενετικής ασθένειας που προκαλείται από τη συσσώρευση εκτεταμένων βλαβών στο γενετικό υλικό των κυττάρων και, μεταξύ άλλων, προδιαθέτει τους πάσχοντες για ανάπτυξη διαφόρων τύπων λευχαιμιών, συμπαγών όγκων κυρίως στο κεφάλι, στο λαιμό, στο δέρμα και τα γεννητικά όργανα και καταστολή του μυελού των οστών.

• Μεταλλάξεις σε ένα από τα δύο αντίγραφα των γονιδίων BRCA1 και BRCA2 προσδίδουν στις γυναίκες -φορείς τους πολύ υψηλή προδιάθεση για ανάπτυξη καρκίνου του μαστού και των ωοθηκών, σε τέτοιο βαθμό που πολλές επιλέγουν για λόγους ασφαλείας την προφυλακτική μαστεκτομή και ωοθηκεκτομή. Είναι χαρακτηριστικό ότι γυναίκες που φέρουν μετάλλαξη στο γονίδιο BRCA1 έχουν 55-85% κίνδυνο ανάπτυξης καρκίνου του μαστού μέχρι την ηλικία των 70 ετών, με το αντίστοιχο ποσοστό στις γυναίκες που φέρουν μετάλλαξη στο γονίδιο BRCA2 να κυμαίνεται στο 35-60%. Ο κίνδυνος ανάπτυξης καρκίνου των ωοθηκών μέχρι την ηλικία των 70 ετών σε γυναίκες που φέρουν μεταλλάξεις στο γονίδιο BRCA1 ανέρχεται στο 39%, ενώ σε εκείνες που φέρουν μεταλλάξεις στο γονίδιο BRCA2 είναι στο 11%. Επιπλέον, οι φορείς των μεταλλάξεων, μέσα σε 10 χρόνια από την εμφάνιση πρωτοπαθούς καρκίνου του μαστού ενέχουν κίνδυνο εμφάνισης δεύτερου πρωτοπαθούς καρκίνου του μαστού της τάξης του 35-43%, ενώ ο αντίστοιχος κίνδυνος για τον καρκίνο των ωοθηκών είναι 7-13%. Τέλος, μεταλλάξεις στα γονίδια BRCA1 και BRCA2 αυξάνουν τον κίνδυνο για καρκίνο του μαστού (7-8% από 0.1%) και του προστάτη (έως 39%) στους άνδρες, καρκίνο του ενδομητρίου προ-καρκινικές αλλοιώσεις των σαλπίγγων στις γυναίκες, καθώς και καρκίνο του παγκρέατος (1-7%) και κακοήθους μελανώματος στο γενικό σύνολο.

• Η ανάλυση των γονιδίων BRCA1 και BRCA2, λόγω του μεγάλου αριθμού και της ετερογένειας των μεταλλάξεων που έχουν αναγνωρισθεί, γίνεται μέσω εμπεριστατωμένων μεθόδων, προκειμένου να διασφαλισθεί ο έλεγχος του συνόλου της γενετικής τους ακεραιότητας και η εξαγωγή ασφαλών συμπερασμάτων. Ο έλεγχος αυτός, παρέχεται από το εργαστήριο μας μέσω δύο εναλλακτικών στρατηγικών που διαφέρουν κυρίως ως προς το βαθμό ανάλυσης και κλινικής μετάφρασης των εξαγόμενων δεδομένων αλληλουχίσης. Η πρώτη στρατηγική περιλαμβάνει τη σύγχρονη ανάλυση των γονιδίων BRCA1 και BRCA2 με αλληλούχιση νέας γενιάς (NGS), για την ανίχνευση μεταλλάξεων τύπου σημειακών παραλλαγών (SNVs) ή προσθηκών/ελλείψεων μικρού αριθμού βάσεων (indels), και με η μέθοδο MLPA, για την ανίχνευση μεταλλάξεων τύπου διπλασιασμών/ελλείψεων μεγαλύτερου μεγέθους (≥1 εξόνιο) (CNVs). Τα αποτελέσματα των παραπάνω δοκιμασιών αναλύονται ακολούθως από εμπορικά διαθέσιμες πλατφόρμες βιοπληροφορικής αλλά και προσωπική επιστημονική επιμέλεια ως προς τη διαθέσιμη βιβλιογραφία, με σκοπό την ταυτοποίηση παθογόνων ή πιθανά παθογόνων μεταλλάξεων που θα έχουν κάποιον κλινικό αντίκτυπο στην εξεταζόμενη. Η δεύτερη στρατηγική, αφορά την πλέον εμπεριστατωμένη και ολοκληρωμένη εκτίμηση του κινδύνου ανάπτυξης καρκίνου του μαστού και των ωοθηκών σε μία εξεταζόμενη, όπως αυτή απορρέει τόσο από τον έλεγχο των γονιδίων BRCA1/2, όσο και από τη συνεκτίμηση παραμέτρων ατομικού και οικογενειακού ιστορικού, η οποία παρέχεται από την πλατφόρμα BRACAnalysis της εταιρείας γενετικής διαγνωστικής Myriad Genetics® με έδρα τις ΗΠΑ. Πρόκειται για μία πλατφόρμα πλήρως αυτοματοποιημένη και ενοποιημένη από το σημείο της γενετικής ανάλυσης έως και της επιστημονικής ερμηνείας των αποτελεσμάτων αυτής, καθώς και της έκδοσης εξατομικευμένων κλινικών συστάσεων για την εξεταζόμενη, βάσει γενετικών, κλινικών και επιδημιολογικών παραμέτρων. Σε επίπεδο γενετικής ανάλυσης, τα γονίδια BRCA1 και BRCA2 αναλύονται για την ύπαρξη βλαστικών μεταλλάξεων τύπου SNVs και CNVs σημειακών νουκλεοτιδικών αντικαταστάσεων (SNVs) και παραλλαγών αριθμού αντιγράφων (CNVs) σε εξόνια και όρια εξονίων/εσονίων. Τα αποτελέσματα αναλύονται ακολούθως από το πρωτοποριακό πρόγραμμα κατηγοριοποίησης γενετικών παραλλαγών myVision^TM, τεχνογνωσίας και αποκλειστικής χρήσης της εταιρείας Myriad Genetics®, το οποίο χαρακτηρίζεται από >99% ακρίβεια δεικτών θετικής και αρνητικής προγνωστικής αξίας (PPV, NPV), ενώ έχει βρεθεί να επιτυγχάνει αποτελεσματική κατηγοριοποίηση 43-63% των μεταλλάξεων που κρίνονται από εμπορικά ανταγωνιστικές πλατφόρμες ως αγνώστους κλινικής σημασίας (VUS). Στο τελικό στάδιο της ανάλυσης, οι ταυτοποιηθείσες γενετικές παραλλαγές συν-αξιολογούνται με δεδομένα ατομικού και οικογενειακού ιστορικού της εξεταζόμενης, για την έκδοση εξατομικευμένων κατευθηντήριων οδηγιών που συνοψίζονται στους ακόλουθους άξονες:

• Γυναικολογικών καρκίνων, όπως μαστού, ωοθηκών και ενδομητρίου, αναλύονται συγκεντρωτικά σε πάνελ γονιδίων, τα οποία προσφέρουν στις εξεταζόμενες ένα ακόμα μεγαλύτερο επίπεδο ασφαλείας (π.χ. κάλυψη ≈98% των περιστατικών κληρονομικού καρκίνου) στην εκτίμηση του κινδύνου ανάπτυξης γυναικολογικών καρκίνων. Τα γονιδιακά αυτά πάνελ έχουν αναπτυχθεί από την εταιρεία MEDICOVER GENETICS, στα πλαίσια της πλατφόρμας γενετικού ελέγχου κληρονομικών καρκίνων PreSENTIA, και βάσει του αριθμού των αναλυόμενων γονιδίων παρέχονται στις εξής 3 εκδοχές:
  • • PreSENTIA BREAST HIGH RISK PANEL: Ανάλυση 7 γονιδίων (BRCA1, BRCA2, CDH1, PALB2, PTEN, STK11, TP53).
    • PreSENTIA BREAST/GYNECOLOGICAL GUIDELINES-BASED PANEL: Ανάλυση 19 γονιδίων (ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, NBN, PALB2, PMS2, PTEN, RAD51C, RAD51D, TP53, STK11).
    • PreSENTIA BREAST/GYNECOLOGICAL CANCER PANEL: Ανάλυση 26 γονιδίων (ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, DICER1, EPCAM, MLH1, MRE11A, MSH2, MSH6, MUTYH, NBN, PALB2, PMS2,POLD1, POLE, PTEN, RAD50, RAD51C, RAD51D, SMARCA4, STK11, TP53).
• Η εταιρεία Myriad Genetics® παρέχει επίσης ένα πρόσθετο, πρωτοποριακό τεστ αξιολόγησης του κινδύνου ανάπτυξης καρκίνου του μαστού σε γυναίκες με αρνητικό εύρημα παθογόνων/πιθανά παθογόνων μεταλλάξεων στα γονίδια BRCA1/2 από τη διενέργεια του BRACAnalysis, οι οποίες αποτελούν και τη συντριπτική πλειοψηφία του πληθυσμού (≈90%). Το τεστ ονομάζεται riskScore και αποτελεί έναν πολυγονιδιακό δείκτη κινδύνου (PRS) που αναλύει 86 δείκτες SNPs στο γονιδίωμα και συνδυαζόμενο με το εργαλείο κλινικής αξιολόγησης κινδύνου για καρκίνο του μαστού Tyrer-Cuzick, το οποίο λαμβάνει υπόψη παραμέτρους, όπως ηλικία, δείκτης μάζας σώματος (BMI), γυναικολογικό ιστορικό και οικογενειακό ιστορικό, παρέχει στην εξεταζόμενη ένα ποσοστό πενταετούς και εφ’ όρου ζωής κινδύνου για ανάπτυξη καρκίνου του μαστού. Αν το ποσοστό εφ’ όρου ζωής κινδύνου είναι μεγαλύτερο του θεσπιζόμενου ορίου του 20%, η εξεταζόμενη κατατάσσεται ως δυνητικά υψηλού κινδύνου και κατευθύνεται προς υιοθέτηση ανάλογων προληπτικών στρατηγικών.

• Αν και όπως αναφέρθηκε οι μεταλλάξεις στα γονίδια BRCA1 και BRCA2 ευθύνονται για το 90% των περιστατικών κληρονομικού καρκίνου του μαστού, υπάρχει ένα ακόμα 10% των περιστατικών, η αιτιοπαθογένεια των οποίων αποδίδεται σε μεταλλάξεις άλλων γονιδίων, ποικίλης διεισδυτικότητας όσον αφορά την τελική εκδήλωση καρκίνου. Χαρακτηριστικά παραδείγματα γονιδίων υψηλού-κινδύνου για ανάπτυξη καρκίνου του μαστού, κατόπιν παθογόνου μεταλλαξιγένεσης αυτών, είναι τα γονίδια PALB2 και CHEK2, καθώς και τα σχετιζόμενα και με άλλες μορφές καρκίνου γονίδια TP53, STK11, PTEN και CDH1. Αυτά τα γονίδια, μαζί με τα γονίδια BRCA1 και BRCA2, καθώς και άλλα 18 γονίδια που έχουν ενοχοποιηθεί κατά καιρούς από μελέτες ως ενδιάμεσου- και χαμηλού-κινδύνου για καρκινογένεση μαστού, αναλύονται συγκεντρωτικά σαν πάνελ γονιδίων, το οποίο προσφέρει στις εξεταζόμενες ένα ακόμα μεγαλύτερο επίπεδο ασφαλείας (κάλυψη ≈98% των περιστατικών κληρονομικού καρκίνου) στην εκτίμηση του κινδύνου ανάπτυξης καρκίνου του μαστού.

• Παρά την ύπαρξη των ανωτέρω ενδελεχών γενετικών αναλύσεων, πρόσφατες μελέτες έδειξαν ότι από το σύνολο των γυναικών που υποβάλλονται σε μεμονωμένο έλεγχο των γονιδίων BRCA1/2, μόνο 5% λαμβάνει ένα σαφώς παθογόνο αποτέλεσμα, ενώ σε αυτές που υποβάλλονται σε πιο εκτεταμένο έλεγχο πάνελ γονιδίων, το ποσοστό των παθογόνων ευρημάτων ανέρχεται στο 13%. Αυτό έχει σαν αποτέλεσμα, 87-95% των γυναικών να παραμένουν με ασαφή ή ακόμα πιο επικίνδυνα ψευδώς αρνητική εικόνα για τη γενετική τους προδιάθεση ως προς την ανάπτυξη καρκίνου του μαστού. Για αυτό ακριβώς το λόγο, αναπτύχθηκε τα τελευταία χρόνια μία νέα προσέγγιση που αποτελεί τον πλέον εμπεριστατωμένο γενετικό έλεγχο διερεύνησης προδιαθεσικών παραγόντων για ανάπτυξη καρκίνου του μαστού, ο οποίος βασίζεται σε ανάλυση ολόκληρου του γονιδιώματος της εξεταζόμενης με τη μέθοδο του Whole Genome Sequencing (WGS) (βλέπε Μεταγεννητικός Έλεγχος => Έλεγχος Γενετικών Νοσημάτων & Συνδρόμων της Νεογνικής/Βρεφικής/Παιδικής Ζωής). Η μέθοδος αυτή επιτρέπει σε πρώτο βαθμό την εμπεριστατωμένη ανάλυση όλων των γονιδίων, μεταλλάξεις στα οποία σχετίζονται με αυξημένο κίνδυνο νεοπλασίας στο μαστό (π.χ. BRCA1/2), αλλά επιπλέον αυτού, παρέχει τη δυνατότητα υπολογισμού ενός άκρως εξατομικευμένου κινδύνου ανάπτυξης της εν λόγω κακοήθειας για κάθε εξεταζόμενη, μέσω της πλέον σύγχρονης στο χώρο της γενετικής προσέγγισης του Polygenic Risk Score (PRS). Ο δείκτης PRS αποτελεί ουσιαστικά μία εκτίμηση της συγκεντρωτικής επίδρασης εκατοντάδων (n=313) γενετικών δεικτών τύπου σημειακών πολυμορφισμών (SNPs) στην προδιάθεση ανάπτυξης μίας παθολογίας, εν προκειμένω του καρκίνου του μαστού. Απαραίτητη προϋπόθεση του παραπάνω ελέγχου είναι η λήψη εκτεταμένου ατομικού και οικογενειακού ιστορικού από την εξεταζόμενη, τα οποία συνυπολογίζονται με τα γενετικά δεδομένα βάσει κατάλληλων υπολογιστικών μοντέλων και οδηγούν στην έκδοση ενός εξατομικευμένου δείκτη κινδύνου. Η ολοκλήρωση της ανάλυσης οδηγεί με αυτόν τον τρόπο σε μία συγκεκριμένη (μετρήσιμη) εκτίμηση κινδύνου ανάπτυξης καρκίνου του μαστού στην κάθε εξεταζόμενη, ανεξάρτητα από το αν θα βρεθούν ή όχι παθολογικά ευρήματα στα γονίδια υψηλού-κινδύνου. Πιο συγκεκριμένα, κάθε εξεταζόμενη κατατάσσεται ως ΧΑΜΗΛΟΥ ΚΙΝΔΥΝΟΥ, ΜΕΤΡΙΟΥ ΚΙΝΔΥΝΟΥ ή ΥΨΗΛΟΥ ΚΙΝΔΥΝΟΥ, ενώ παρέχεται και μία εκτίμηση πιθανότητας (%) εμφάνισης καρκίνου του μαστού στα επόμενα 5 έτη, στα επόμενα 10 έτη και μεταξύ 49-80 ετών.

• Ο γονιδιακός έλεγχος προδιάθεσης γυναικολογικών καρκίνων ενδείκνυται στις ακόλουθες περιπτώσεις:

i) Γυναίκες με οικογενειακό ιστορικό:

• • • • Καρκίνου του μαστού σε ηλικία ≤50 ετών.
      • Καρκίνου των ωοθηκών.
      • Δύο ή περισσοτέρων περιστατικών καρκίνου το μαστού στο ίδιο άτομο ή στην ίδια πλευρά της οικογένειας.
      • Καρκίνου του μαστού σε άνδρα.
      • Τριπλά αρνητικού (HER-/ER-/PR-) καρκίνου του μαστού.
      • Τριών ή περισσοτέρων περιστατικών καρκίνου του μαστού, των ωοθηκών, προστάτη και παγκρέατος στην ίδια πλευρά της οικογένειας.

ii) Γυναίκες με ατομικό ιστορικό:

• • • • Καρκίνου του μαστούή του ενδομητρίου  σε ηλικία ≤50 ετών.
      • Τριπλά αρνητικού (HER-/ER-/PR-) καρκίνου του μαστού.
      • Καρκίνου των ωοθηκών.
      • Καρκίνο του ενδομητρίου με ενδείξεις ύπαρξης μεταλλάξεων στα γονίδια MMR (π.χ. MSI-H) ή/και οικογενειακό ιστορικό καρκίνων σχετιζόμενων με σύνδρομο Lynch (βλέπε Γενετικός Έλεγχος Καρκίνου του Παχέος Εντέρου).

iii) Άνδρες με ατομικό ιστορικό καρκίνου του μαστού.

• Δείγμα: περιφερικό αίμα (BRCA1/2 γονίδια, BRACAnalysis, WGS), στοματικό επίχρισμα (PreSENTIA).

• Χρόνος απάντησης: 25-30 εργάσιμες ημέρες (BRCA1/2 γονίδια), 15-20 εργάσιμες ημέρες (BRACAnalysis), 25-30 εργάσιμες ημέρες (PreSENTIA), 30-35 εργάσιμες ημέρες (WGS).

Φαρμακογονιδιωματική γυναικολογικών καρκίνων (μαστού, ωοθηκών & ενδομητρίου).

• Η επιστήμη της φαρμακογονιδωματικής (PGx) συνίσταται στη μελέτη της επίδρασης του γονιδιώματος στο μεταβολισμό, τη θεραπευτική δραστικότητα και τις πιθανές παρενέργειες ενός φαρμάκου στον οργανισμό-δέκτη. Αποτελεί ένα από τα πιο εντατικά πεδία έρευνας της σύγχρονης ιατρικής, καθώς αποτελεί τον κινητήριο μοχλό για την ανάπτυξη και εφαρμογή εξατομικευμένων θεραπειών για σχεδόν όλες τις παθολογικές καταστάσεις του ανθρώπου, με πλέον εξέχοντα πεδία εφαρμογής τη θεραπεία του καρκίνου, αυτοάνοσων νοσημάτων, μεταβολικών νοσημάτων, γενετικών ασθενειών, ακόμα και ψυχιατρικών νόσων. Ειδικά στη θεραπευτική του καρκίνου, η φαρμακογονιδιωματική έφερε επανάσταση στον τρόπο αντιμετώπισης των διαφόρων νεοπλασμάτων, καθώς μέσω μελέτης της διακριτής βιολογίας κάθε καρκίνου, επιτρέπει τη στοχευμένη εφαρμογή μεμονωμένων και συνδυαστικών θεραπειών με τα βέλτιστα αποτέλεσμα για κάθε ασθενή. Αυτό είναι ιδιαιτέρως εμφανές στην εφαρμογή θεραπειών με νέας γενιάς φαρμακευτικούς παράγοντες (π.χ.  μοριακή στόχευση πρωτεϊνών, ανοσοθεραπεία), όπου πλέον, σχεδόν για κάθε διαθέσιμο παράγοντα υπάρχει και το αντίστοιχο μοριακό τεστ που αξιολογεί την καταλληλότητα εφαρμογής του πρώτου σε έναν εξεταζόμενο καρκίνο.

• Στον τομέα των γυναικολογικών καρκίνων του μαστού και των ωοθηκών, ο πλέον διαδεδομένος τύπος μοριακών φαρμάκων που χρησιμοποιούνται επιπροσθέτως της κλασσικής χημειοθεραπείας ή/και ορμονοθεραπείας, είναι οι PARP αναστολείς. Πρόκειται για μικρά χημικά μόρια που αναστέλλουν εκλεκτικά μία κατηγορία ενζύμων ονόματι poly-ADP-ribose-polymerase (PARP), τα οποία διαδραματίζουν κομβικό ρόλο στην ικανότητα του κυττάρου να επιδιορθώνει βλάβες DNA τύπου μονόκλωνης αλυσίδας που προκαλούνται από μεταβολικό, χημικό ή ακτινολογικό στρες. Στη μάχη κατά του καρκίνου, τα μόρια αυτά βρίσκουν εφαρμογή ως επικουρικοί παράγοντες για περιορισμό της ανάπτυξης ανθεκτικότητας των καρκινικών κυττάρων έναντι της εφαρμοζόμενης κυτταροτοξικής χημειοθεραπείας. Πιο αναλυτικά, ως απόκριση στις προκαλούμενες από χημειοθεραπεία βλάβες DNA, και προκειμένου να επιβιώσουν, τα καρκινικά κύτταρα ενεργοποιούν ενδογενείς μηχανισμούς επιδιόρθωσης του DNA, μια διαδικασία που σε σημαντικό βαθμό διενεργείται μέσω σηματοδότησης από PARP ένζυμα. Οι PARP αναστολείς στοχεύουν ακριβώς στην κατάργηση αυτών των επιδιορθωτικών μηχανισμών του κυττάρου, εμποδίζοντας την ανάπτυξη ανθεκτικότητας έναντι χρησιμοποιούμενων κυτταροτοξικών θεραπειών που δρουν μέσω πρόκλησης βλαβών DNA (π.χ. χημειοθεραπεία πλατίνας), ενώ συγχρόνως εκδηλώνουν και οι ίδιοι κυτταροτοξική δράση μέσω δημιουργία σταθερών συμπλόκων των PARP πρωτεϊνών με το DNA.

• Αν και πολλά υποσχόμενοι στη θεραπεία και συντήρηση ασθενών με γυναικολογικούς καρκίνους, οι PARP αναστολείς δεν είναι κατάλληλοι για όλες τις μορφές καρκίνων. Συγκεκριμένα, συστήνονται στις περιπτώσεις:

Και στις δύο περιπτώσεις καρκίνου ωστόσο, απαραίτητη προϋπόθεση είναι η ύπαρξη στα κύτταρα βλαστικών (κληρονομήσιμων) ή σωματικών (επίκτητων) μεταλλάξεων στα γονίδια BRCA1/2. Οι πρωτεΐνες BRCA1 και BRCA2 εμπλέκονται και αυτές σε έναν πολύ κομβικό μηχανισμό επιδιόρθωσης βλαβών DNA τύπου διπλής έλικας μέσω ομόλογου ανασυνδυασμού (βλέπε Έλεγχος γονιδίων προδιάθεσης γυναικολογικών καρκίνων) και η απώλεια λειτουργίας τους μέσω παθογόνων μεταλλάξεων οδηγεί σε κατάργηση αυτού του μηχανισμού και αυξημένη προδιάθεση ανάπτυξη γυναικολογικών και μη καρκίνων. Συγχρόνως όμως, οι επαγόμενοι από αυτές τις μεταλλάξεις καρκίνοι που έχουν ήδη διαταραγμένο έναν βασικό μηχανισμό επιδιόρθωσης βλαβών DNA, είναι και οι πλέον κατάλληλοι για θεραπεία με PARP αναστολείς, καθώς η σύγχρονη κατάργηση και του μηχανισμού επιδιόρθωσης βλαβών DNA τύπου μονόκλωνης αλυσίδας, καθιστά τα καρκινικά κύτταρα επιπλέον επιρρεπή και μειωμένης ικανότητας ανάπτυξης ανθεκτικότητας στην κυτταροτοξική δράση της εφαρμοζόμενης χημειοθεραπείας.

• Η φαρμακογονιδιωματική του καρκίνου του μαστού και των ωοθηκών βρίσκει εφαρμογή ακριβώς σε αυτό το πλαίσιο, όπου μέσω ανάπτυξης γενετικών τεστ που αναλύουν διαφόρων τύπων μεταλλάξεων στα γονίδια BRCA1/2, είτε σε βλαστικό είτε σε σωματικό επίπεδο, καθώς και άλλες γενετικές βλάβες, εντοπίζει ακριβώς εκείνους τους ασθενείς που δύναται να επωφεληθούν από την εφαρμογή θεραπείας με PARP αναστολείς. Το εργαστήριο μας, μπορεί να παρέχει τόσο ένα γενικότερο έλεγχο γενετικής ανάλυσης των γονιδίων BRCA1 και BRCA2, όσο και περισσότερο εξειδικευμένους ελέγχους, καταρτισμένους και επίσημα εγκεκριμένους για επιλογή καταλληλότητας ασθενών με γυναικολογικούς καρκίνους του μαστού και των ωοθηκών για θεραπεία με PARP αναστολείς. Στην πρώτη περίπτωση, ο έλεγχος περιλαμβάνει πλήρης αλληλούχιση (NGS) των γονιδίων για ανίχνευση μεταλλάξεων μικρής κλίμακας (SNVs, indels), καθώς και ανάλυση MLPA για την ανίχνευση μεταλλάξεων τύπου CNVs (ελλείψεις/διπλασιασμοί). Στη δεύτερη περίπτωση, το εργαστήριο μας συνεργάζεται με μία από τις μεγαλύτερες παγκοσμίως εταιρείες γενετικής διαγνωστικής και την πλέον διάσημη στο χώρο ανάπτυξης PGx τεστ καρκίνου, τη Myriad Genetics® με έδρα τις ΗΠΑ, για την παροχή της πληρέστερης κάλυψης για γενετική αξιολόγηση ασθενών με συμβατούς τύπους καρκίνου του μαστού και των ωοθηκών, μέσω των FDA εγκεκριμένων γενετικών τεστ BRACAnalysis CDx και myChoice HRD.

• Η πρόοδος που έχει επιτευχθεί τα τελευταία χρόνια στη μελέτη και κατανόηση της βιολογίας του καρκίνου, έχει οδηγήσει την επιστήμη της φαρμακογονιδιωματικής και στην ανάπτυξη μοριακών τεστ, που μέσω συνδυαστικών αναλύσεων (π.χ. μεταλλάξεις γονιδίων, έκφραση γονιδίων, έκφραση πρωτεϊνικών δεικτών), επιτρέπουν μία εκτίμηση του καρκινογόνου δυναμικού κάθε όγκου, με σκοπό την ταυτοποίηση των πλέον επιθετικών και νοσογόνων που χρήζουν πιο δραστικών θεραπευτικών στρατηγικών και δη χημειοθεραπείας. Με αυτόν τον τρόπο, γίνεται εφικτή πλέον μία ασφαλής διαλογή ασθενών, και όχι η μέχρι πρότινος γενικευμένη «τυφλή» εφαρμογή χημειοθεραπείας σε όλους, με όλες τις καταστροφικές παρενέργειες που τη συνοδεύουν. Το πρώτο πεδίο που βρήκε κλινική εφαρμογή η παραπάνω στρατηγική αφορά τον καρκίνο του μαστού, όπου μέχρι πρόσφατα, η μόνη αξιολόγηση της επιθετικότητας ενός καρκίνου βασίζονταν σε κλινικά στοιχεία (π.χ. μέγεθος και στάδιο όγκου, αριθμός λεμφαδένων με μεταστάσεις, ηλικία ασθενούς) και κατέτασσε τους ασθενείς σε χαμηλού-κινδύνου (μη-σύσταση χημειοθεραπείας), υψηλού-κινδύνου (σύσταση χημειοθεραπείας) και στο πλέον πολυάριθμο γκρουπ του ενδιάμεσου-κινδύνου (≈80% ασθενών), όπου για λόγους ασφαλείας συνίστατο η εφαρμογή χημειοθεραπείας. Με την εφαρμογή των νέων μοριακών PGx τεστ, είναι εφικτή πλέον η αναδιανομή του γκρουπ ασθενών ενδιάμεσου κινδύνου σε χαμηλού- και υψηλού-κινδύνου και η στοχευμένη χορήγηση θεραπείας, που οδηγεί, σύμφωνα με μελέτες, σε αύξηση των ασθενών που απαλλάσσονταν από χημειοθεραπεία από 6-19% σε 63%.

• Μοριακό τεστ επιλογής του εργαστηρίου μας για την παραπάνω εφαρμογή είναι το EndoPredict, που παρέχεται επίσης από την εταιρεία Myriad Genetics®, και αποτελεί ένα τεστ γονιδιακής έκφρασης δεύτερης γενιάς, που σύμφωνα με διεθνείς μελέτες υπερέχει σε αξιοπιστία και προγνωστική αξία έναντι των υπολοίπων εμπορικά διαθέσιμων πλατφορμών που αποτελούν τεστ πρώτης γενιάς, και για το λόγο αυτό συστήνεται από διεθνείς κατευθυντήριες οδηγίες (NCCN, ASCO, NICE, ESMO, AGO, St Gallen, EGTM, AJCC). Το EndoPredict εφαρμόζεται σε προ- και μετα-εμμηνοπαυσιακές γυναίκες με πρώιμο διηθητικό καρκίνο του μαστού αρνητικό για HER2, θετικό για οιστρογονικούς υποδοχείς (ER+) και αρνητικό ή θετικό σε μεταστάσεις λεμφαδένων. Πρόκειται για ένα τεστ που αξιολογεί στοχευμένα την έκφραση σε καρκινικό ιστό 12 γονιδίων και βάσει αυτής, δίνει ένα σκορ (12-Gene Molecular Score) που χρησιμοποιείται στη συνέχεια μαζί με κλασσικούς κλινικούς δείκτες (μέγεθος όγκου, αριθμός λεμφαδένων με μεταστάσεις) για να εξάγει ένα συνδυαστικό δείκτη κινδύνου (EPclin Risk Score) με κλίμακα 1-6. Αυτός ο δείκτης κινδύνου ερμηνεύεται με τέτοιο τρόπο, που απαντά ουσιαστικά σε 3 καίρια ερωτήματα που θα καθορίσουν εν πολλοίς την ιδανική και άκρως εξατομικευμένη θεραπευτική στρατηγική που θα εφαρμόσει ο κλινικός ιατρός στον ασθενή του:

• Η επίδραση της εφαρμογής του EndoPredict στην απόφαση των θεράποντων ιατρών για την εφαρμογή της βέλτιστης θεραπείας στους ασθενείς τους, αξιολογήθηκε σε ανεξάρτητες μελέτες που πραγματοποιήθηκαν σε 5 διαφορετικές κλινικές (2 στη Γερμανία, 1 στη Γαλλία, 1 στην Αγγλία και 1 στο Μεξικό). Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι κατά μέσο όρο 37.7% των αρχικών αποφάσεων ανατράπηκαν μετά την εφαρμογή του τεστ, εκ των οποίων 25.4% επανα-κατευθύνθηκαν από ορμονοθεραπεία + χημειοθεραπεία σε αποκλειστική ορμονοθεραπεία και 12.3% επανα-κατευθύνθηκαν από συντηρητική ορμονοθεραπεία σε πιο επιθετικές στρατηγικές που περιλαμβάνουν και χημειοθεραπεία.
• Μέχρι σήμερα, το EndoPredict έχει αξιολογηθεί συνολικά σε 4 μεγάλες κλινικές μελέτες που αριθμούν συγκεντρωτικά 3.200 ασθενείς, ενώ έχει εφαρμοσθεί για την επιλογή της βέλτιστης θεραπευτικής στρατηγικής σε πάνω από 25.000 ασθενείς παγκοσμίως.
• Το EndoPredict αποζημιώνεται στην Ελλάδα από τον ΕΟΠΥΥ βάσει ΦΕΚ σε γυναίκες με χαρακτηριστικά συμβατά για την εφαρμογή του (βλέπε πίνακα παρακάτω).

• Στον παρακάτω πίνακα παρουσιάζονται ευκρινώς τα διαφορετικά τεστ φαρμακογονιδιωματικής που παρέχει το εργαστήριο μας έναντι γυναικολογικών καρκίνων, με τις απαραίτητες προδιαγραφές εφαρμογής τους και τους επιδιωκόμενους σκοπούς τους:

• Μία ακόμα καινοτομία στον τομέα της ανάλυσης της γενετικής σύστασης καρκίνων αποτελεί η λεγόμενη υγρή- βιοψία καρκίνου, όπου αποτελεί ουσιαστικά τη μη-επεμβατική εκδοχή της κλασσικής γενετικής βιοψίας ιστού, η οποία πραγματοποιείται επί δείγματος περιφερικού αίματος του ασθενή στο οποίο αναλύει ελεύθερα κυκλοφορούντα μόρια καρκινικού DNA (ctDNA). Η εν λόγω πρακτική μπορεί να εφαρμοσθεί σε όλες τις μορφές καρκίνου για τις οποίες υπάρχει διαθέσιμη πλατφόρμα ανάλυσης, είτε ως αρχική γενετική βιοψία του καρκίνου, για την ανίχνευση προγνωστικών και φαρμακογονιδιωματικών δεικτών, είτε ως επακόλουθη μίας αρχικής γενετικής βιοψίας ιστού που έχει αποκαλύψει χρήσιμους γενετικούς δείκτες που μπορούν να χρησιμοποιούνται μελλοντικά στην υγρή-βιοψία για λόγους πρόγνωσης (π.χ. επανεμφάνιση καρκίνου) ή θεραπευτικής αποκρισιμότητας του καρκίνου. Η υγρή-βιοψία καρκίνου, πέραν του μη-επεμβατικού χαρακτήρα της, που την καθιστά πιο εύκολα και άμεσα εφαρμόσιμη, αποτελεί πολλές φορές τη μόνη επιλογή γενετικής βιοψίας καρκίνου, σε περιστατικά που μία βιοψία ιστού είναι ανέφικτη. Πλατφόρμα υγρής-βιοψίας καρκίνου επιλογής του εργαστηρίου μας είναι το τεστ NeoThetis, ανάπτυξης και παροχής της εταιρείας MEDICOVER GENETICS, το οποίο όσον αφορά τη γενετική βιοψία γυναικολογικών καρκίνων παρέχεται στην εξής εκδοχή:

• Δείγμα: περιφερικό αίμα (BRCA1/2, BRACAnalysis CDx, NeoThetis), καρκινικός ιστός μονιμοποιημένος σε παραφίνη (FFPE) (BRCA1/2, myChoice CDx PLUS, EndoPredict, ForeSENTIA).
• Χρόνος απάντησης: 10-15 εργάσιμες ημέρες (NeoThetis), 15-20 εργάσιμες ημέρες (BRACAnalysis CDx, myChoice CDx PLUS, EndoPredict), 25-30 εργάσιμες ημέρες (BRCA1/2 γονίδια, ForeSENTIA).