ΜΟΡΙΑΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ 5 Μοριακή Ανίχνευση Κορωνοϊού SARS-CoV-2 (COVID-19)
  • Η ασθένεια κορωνοϊού 2019 (COVID-19) συνιστά μία λοίμωξη που επηρεάζει κυρίως το αναπνευστικό σύστημα των ασθενών, η οποία αναγνωρίσθηκε για πρώτη φορά το Δεκέμβριο του 2019 στην πόλη Wuhan της Κίνας και έκτοτε εξαπλώθηκε ραγδαία στον υπόλοιπο κόσμο φθάνοντας σε διαστάσεις πανδημίας και μάλιστα της μεγαλύτερης που έχει πλήξει την ανθρωπότητα τον τελευταίο αιώνα. Η λοίμωξη οφείλεται σε ένα νέο στέλεχος κορωνοϊού, ονόματι SARS-CoV-2, που μεταπήδησε πιθανότατα από κάποιο ζώο-ξενιστή της άγριας πανίδας που φυσιολογικά ενδημούν οι ιοί της οικογένειας των κορωνοϊών στον άνθρωπο. Ο νέος αυτός ιός αποτελεί τον έβδομο σε χρονολογική σειρά ταυτοποίησης κορωνοϊό που διευρύνει τη μολυσματικότητα του από τα ζώα στον άνθρωπο, ο οποίος ανήκει στο ίδιο γένος (Betacoronavirus) με 4 από τους προηγούμενους κορωνοϊούς (SARS-CoV-1, MERS-CoV, HCoV-HKU1 και HCoV-OC43) που ευθύνονται επίσης για λοιμώξεις του αναπνευστικού που κυμαίνονται από απλό κρυολόγημα (HCoV-HKU1, HCoV-OC43) έως υψηλής νοσηρότητας και θνησιμότητας νοσήματα του αναπνευστικού (SARS-CoV-1, MERS-CoV).

  • Ο ιός SARS-CoV-2 φέρει γονιδίωμα μονόκλωνου RNA θετικής πολικότητας μεγέθους ≈9 kb στο οποίο έχουν ταυτοποιηθεί 13-15 ανοικτά πλαίσια ανάγνωσης (ORFs) εκ των οποίων τα 12 είναι ενεργά που κωδικοποιούν για αντίστοιχες πρωτεΐνες και συγκεκριμένα για τις πρωτεΐνες S, M, E που εντοπίζονται στον εξωτερικό ιϊκό φάκελο και διαδραματίζουν δομικό και λειτουργικό ρόλο, την πρωτεΐνη Ν που εντοπίζεται εσωτερικά και παρέχει δομική στήριξη στο RNA γονιδίωμα του ιού, τις ORF1a και ORF1ab πολυπρωτεΐνες που ενέχεται σε κρίσιμες λειτουργικές διαδικασίες του ιού (π.χ. έκφραση γονιδίων, αντιγραφή) και 6 ακόμα βοηθητικές πρωτεΐνες (ORF3a, ORF6, ORF7a, ORF7b, ORF8, ORF10). Από πλευράς μολυσματικότητας, ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει η πρωτεΐνη S του ιϊκού φακέλου, η οποία βάσει εμπειρίας και από προηγούμενους κορωνοϊούς αλλά και σύγχρονων ερευνών, ταυτοποιήθηκε γρήγορα ως η πρωτεΐνη-κλειδί για την πρόσδεση του ιού στα ανθρώπινα κύτταρα-ξενιστές και την επιτυχή μόλυνση αυτών. Ο κύριος υποδοχέας πρόσδεσης της πρωτεΐνης S στα ανθρώπινα κύτταρα βρέθηκε να είναι η πρωτεΐνη ACE2, η οποία εκφράζεται σε πληθώρα κυττάρων, όπως κυψελιδικά κύτταρα των πνευμόνων, επιθηλιακά κύτταρα της στοματικής και ρινικής κοιλότητας, εντεροκύτταρα του λεπτού εντέρου, νεφρικά σωληνοειδή κύτταρα, ενδοθηλιακά κύτταρα του αρτηριακού και φλεβικού συστήματος, λεία μυϊκά κύτταρα, ακόμα και νευρώνες και γλοιικά κύτταρα του εγκεφάλου, καθιστώντας τους αντίστοιχους ιστούς ευάλωτους θεωρητικά σε μόλυνση από τον ιό SARS-CoV-2. Βάσει των παραπάνω, η πρωτεΐνη S αποτέλεσε και αποτελεί αντικείμενο εντατικής μελέτης για την ανάπτυξη αποτελεσματικών αντιϊκών στρατηγικών καταπολέμησης της εξάπλωσης του SARS-CoV-2 που στοχεύουν στην αδρανοποίηση αυτής και αναίρεση της ικανότητας του ιού για μόλυνση των ανθρωπίνων κυττάρων-ξενιστών. Οι στρατηγικές αυτές έγκειται είτε σε μεθόδους ενεργητικής ανοσοποίησης (εμβολιασμός) των ξενιστών έναντι κρίσιμων πεπτιδικών αντιγόνων της πρωτεΐνης S, με σκοπό την παραγωγή ειδικών αδρανοποιητικών αντισωμάτων που θα εμποδίζουν την εξάπλωση του ιού, είτε σε μεθόδους παθητικής ανοσοποίησης για την καταπολέμηση ενεργούς λοίμωξης με χορήγηση αδρανοποιητικών αντισωμάτων στόχευσης της πρωτεΐνης S που είτε έχουν απομονωθεί από άτομα που νόσησαν και ανέρρωσαν από τη νόσο COVID-19 (χορήγηση πλάσματος) είτε αναπτύσσονται βιοτεχνολογικά και δοκιμάζονται στα πλαίσια κλινικών δοκιμών. Επίτοποι της πρωτεΐνης S έχουν χρησιμοποιηθεί επίσης σε πολλές αναπτυσσόμενες ορολογικές δοκιμασίες διάγνωσης της νόσου COVID-19 που βασίζονται στην ανίχνευση φυσικών αντισωμάτων του οργανισμού έναντι του ιού SARS-CoV-2.

  • Το εργαστήριο μας είναι σε θέση να παρέχει εξετάσεις διάγνωσης της νόσου COVID-19 που αφορούν τη μοριακή ανίχνευση του ιού σε ασθενείς με ενεργή λοίμωξη από SARS-CoV-2.

Ανίχνευση RNA ιού SARS-CoV-2.

  • Αφορά τη μοριακή ανίχνευση του RNA γονιδιώματος του ιού SARS-CoV-2 σε βιολογικά δείγματα του αναπνευστικού συστήματος (π.χ. επιχρίσματα ρινικής/στοματικής κοιλότητας, φάρυγγα, σάλιο) με τη μέθοδο της real-time RT-PCR. 
  • Εφαρμογή του IVD πιστοποιημένου LogixSmartTM SARS–CoV-2 test (Co–Diagnostics) το οποίο ενισχύει μέσω real-time RT-PCR δύο συντηρημένες περιοχές των γονιδίων-στόχων RdRP και E–gene του ιού και επιτρέπει ειδική ανίχνευση του SARS-CoV-2. 
  • Η αναλυτική ευαισθησία της μεθόδου ορίζεται στα 4 ιϊκά αντίγραφα ανά αντίδραση. 
  • Δείγμα: Ρινικό/ρινοφαρυγγικό/στοματοφαρυγγικό επίχρισμα (συλλογή με ειδικό στειλεό που εμβαπτίζεται σε υλικό μεταφοράς ιών), πτύελα, τραχειακές εκκρίσεις, βρογχοκυψελιδικό έκπλυμα. 
  • Χρόνος απάντησης: αυθημερόν.